Ani další desetiletí jim nepřinesla klid. Oba bratři, Maxmilián a Ernst, se během druhé světové války otevřeně stavěli proti nacismu. Adolf Hitler přitom Hohenbergy nenáviděl nejen kvůli jejich aristokratickému původu, ale i proto, že odmítali nacistickou ideologii. V roce 1938 byli oba zatčeni a deportováni do koncentračního tábora Dachau. Tam zažili ponižování, těžkou práci i psychické týrání. Z mužů, kteří kdysi vyrůstali na zámcích, se stali vězni nucení čistit latríny.
Přesto přežili. Pobyt v Dachau oba bratry hluboce poznamenal. Maxmilián po válce vzpomínal, že nejhorší nebyl fyzický hlad, ale neustálé ponižování a pocit, že lidský život nemá žádnou hodnotu. Po návratu z koncentračního tábora už nikdy nebyli stejnými lidmi.
Po válce se rodina částečně vrátila do Rakouska, ale návrat ke starému životu nebyl možný. Některé majetky byly zničené, jiné nenávratně pryč. Sourozenci žili spíše v ústraní a veřejnosti se vyhýbali. Přesto se snažili zachovat památku svých rodičů a pečovali o rodinné archivy, fotografie i dopisy, které připomínaly dobu před sarajevským atentátem. Po válce se Maxmilián i Ernst pokoušeli vrátit k běžnému životu, ale trauma z věznění i celoživotní pocit vykořenění v nich zůstaly. Nejstarší sestra Žofie se dožila vysokého věku a zemřela až v roce 1990. Celý život však nesla vzpomínku na okamžik, kdy jako třináctiletá dívka přišla během jediného dne o oba rodiče.